Sejarah asal usul desa Suwawal dan Suwawal Timur dibagi menjadi dua yaitu desa Suwawal Timur sebelum di pecah dan sesudah di pecah menjadi 2 (dua).
Asal muasal sejarah berdirinya desa Suwawal Timur pada mulanya merupakan satu desa yaitu desa Suwawal yang dikarenakan luasnya wilayah dan kondisi geografis sehingga menyulitkan pelayanan masyarakat kala itu maka kemudian dalam perjalanannya pada Tahun 1984 yaitu pada era Petinggi Kasim desa Suwawal dipecah menjadi 2 (dua) yaitu Desa Suwawal (Suwawal Barat) dan Desa Suwawal Timur dengan Petinggi Karteker Bpk. Kasroni yang ditugaskan dari kesatuan TNI (ABRI).
Selanjutnya pada tahun 2008 pada era Petinggi Fatroni,S.Ag juga telah di adakan pemekaran wilayah Kecamatan sehingga Desa Suwawal (Suwawal Barat) masuk wilayah Kecamatan Mlonggo dan Desa Suwawal Timur ikut ke dalam wilayah Kecamatan yang baru yaitu Kecamatan Pakis Aji.
Selanjutnya untuk mengetahui asal usul sejarah keberadaan Desa Suwawal atau Suwawal Timur ada beberapa versi cerita yang berbeda-beda. Berikut ini adalah asal usul sejarah berdirinya desa Suwawal Timur :
Berdasarkan cerita turun temurun dari warga masyarakat yang pernah mendengar cerita dari para pendahulu didapatkan beberapa versi cerita yang berbeda akan tetapi perbedaan cerita tersebut tidak menjadikan permasalahan dan bahkan semakin menarik untuk digali dan dikaji lebih mendalam sebagai kekayaan sejarah desa.
Salah satunya diceritakan bahwa pada era abad ke XIV yaitu pada zaman kerajaan Mataram Islam pada era Raja Raden Patah telah memerintahkan seorang utusan atau telik sandi seorang punggowo kerajaan bernama Singo Truno untuk ngangklang jagad atau memantau wilayah kekuasaan Mataram ke daerah utara disekitar sebelah barat gunung Muria. Karena saat itu diterima kabar bahwa disekitar wilayah Ujungporo ( Jepara ) telah dikuasai oleh penjajah kolonial Belanda sehingga banyak hasil kekayaan dari wilayah ini yang dirampas oleh penjajah sehingga pimpinan wilayah dari sekitar sini tidak bisa memberikan upeti kepada Kerajaan Mataram. Dikisahkan pula karena untuk merahasiakan identitas Singo Truno agar tidak diketahui oleh tentara kolonial Belanda maka beliau menggunakan nama samaran Mbah Cibuk.
Dalam perjalanan rombongan tersebut singgah di suatu kampung dan akhirnya berhenti dan istirahat untuk yang pertama kalinya yang dalam bahasa jawa di katakan “Ngaso Awal” sehingga mbah Singo Truno mengatakan: sok ono ing rejaning zaman daerah kampong kene iki tak jengakke kampong Soawal, Soawal yang dimaksudkan adalah Ngaso Awal ( Istirahat yang pertama / yang awal ) yang selanjutnya seiring perjalanan zaman penyebutan Soawal berubah menjadi Suawal dan terakhir biasa disebut atau ditulis Suwawal.
Versi lain tentang asal usul desa Suwawal Timur juga diceritakan bahwa pada zaman dahulu pada era Kerajaan Mataram juga telah diutus seorang punggowo kerajaan bernama Singo Truno untuk mengembangkan wilayah kekuasaan ke sekitar daerah sebelah barat lereng gunung Muria. Dalam perjalanan Singo Truno bersama beberapa orang prajurit setelah menyebrangi sebuah sungai yang megung ( sungai yang airnya banyak) yang dimaksud sungai tersebut adalah sungai Kaligong . Kemudian mbah Singo Truno dan rombongan berhenti disuatu tempat yang dianggap tepat untuk memulai membuka areal atau yang saat itu disebut bedah alas untuk membuka perkampungan baru di daerah tersebut . Beliau memulai pekerjaan membuka perkampungan baru atau babat alas dengan alat atau senjata tajam semacam pisau atau yang disebut pisau wawal sehingga selanjutnya beliau mbah Cibuk atau mbah Singo Truno menyampaikan pesan kepada para pengikutnya; dalam bahasa jawa : gandeng anggone podo bukak alas ono eng kene iki nganggo peso wawal monggko besok eng rameneng jaman panggonan ini tak jengaake kampong Sowawal . yang artinya: Dikarenakan untuk memulai membuka hutan di tempat ini menggunakan senjata (Peso Wawal) maka besok ramenya zaman tempat ini saya namakan kampong Sowawal yang dalam perjalanan waktu penyebutan Sowawal berubah menjadi Suwawal.
Konon senjata tajam peso wawal yang dimaksud tersebut diatas ternyata bukan senjata biasa akan tetapi senjata yang bertuah ageman mbah Singo Truno sehingga diceritakan senjata tersebut hingga sekarang masih ada dan menjadi gaman deso / pusoko deso yang gaib, dan tidak ada seorangpun yang bisa mengambil benda tersebut .
Selanjutnya keberadaan mbah Cibuk atau mbah Singo Truno selama hidupnya merupakan orang yang sederhana dan tidak ingin disanjung sehingga beliau pernah berpesan jika suatu saat beliau meninggal dunia agar dimakamkan secara biasa dan tidak boleh dikijing sehingga dalam perjalanan waktu makam beliau lenyap tidak diketahui tepatnya dimana. Hanya saja warga menyakini makam beliau terletak ditengah-tengah makam warga di Makam Islam Tegalrejo RT.002 RW.003 Suwawal Timur.
Di Desa Suwawal Timur terdapat sebuah tempat keramat yang masyarakat setempat menamakan tempat tersebut dengan sebutan “Punden Murah” . Menurut cerita turun temurun dari warga setempat di ceritakan bahwa tempat ini adalah tempat pesanggrahan ( tempat singgah ) beliau mbah Murah yaitu seorang yang disepuhkan di tempat ini saat itu.
Beliau mbah Murah adalah putri dari Mataram dan suaminya bernama mbah Gebyok, tapi hingga sekarang belum seorangpun yang bisa menemukan makamnya mbah Murah , tapi sudah menajdi kepercayaan masyarakat Suwawal dan Suwawal Timur sejak jaman dahulu bahwa punden Murah yang sekarang diabadikan dan telah dibangun sebuah rumah kecil yang terletak di dukuh Magersari – Pakis (RT.001 RW.002) adalah tempat pesanggrahan mbah Murah sehingga dalam berbagai hal warga setiap tahun sekali menghormati beliau dengan kegiatan-kegiatan positif seperti manganan, tahlilan / yasinan dll ditempat itu .
Menurut sejarah konon urut –urutannya kesepuhan tokoh – tokoh pendahulu atau yang biasa disebut sing cikal bakal atau sing akal bakal atau orang yang pertama ketokohannya disekitar sini adalah yang paling tua yaitu mbah Kawak lalu mbah Slagi baru mbah Murah.
Mbah Murah menurut beberapa orang yang tidak bisa disebut namanya juga menjuluki nama mbah Murah dengan sebutan Den Ayu Pandan Arum, mengenahi kebenaran dan makna sebenarnya terkait sebutan tersebut masih belum jelas, akan tetapi beberapa orang meyakini sebutan Den ayu atau lebih lengkap yang dimaksudkan adalah Raden Ayu Pandan Arum adalah sebutan yang sering dugunakan untuk memanggil wanita dikalangan kerajaan, dari sebutan itu diyakini bahwa beliau mbah Murah alias Den Ayu Pandan Arum adalah merupakan tokoh keturunan dari kerajaan yang dalam perjalanan hidupnya pernah singgah, hidup dan memimpin di wilayah desa Suwawal / Suwawal Timur.
Dari hasil penelusuran baik wawancara maupun pengalaman lain yang menguatkan pendapat orang banyak terkait keberadaan Mbah Murah Raden Ayu Pandan Arum juga diceritakan bahwa zaman dahulu mbah Murah sejatinya adalah putri kerajaan Mataram Islam yang saat itu kalah perang melawan penjajah Kolonial Belanda sehingga para keluarga Keraton porak poranda menyelamatkan diri dari kejaran musuh (tentara Belanda) Dlam perjalanan beliau berjalan ke Utara dan singgah di desaSuwawal dan untuk keselamatan Raden Ayu Pandan Arum saat itu menyamar menjadi penjual dawet (cendol) karena kepeduliannya kepada rakyat kecil yang tertindaas penjajah saat itu sengaja beliau Raden Ayu Pandan Arum menjual cendol dengan harga yang terjangkau dan sangat murah sehingga saking terkenalnya keberadaan penjual cendol tersebut sehingga saking senangnya warga menyebutnya dengan sebutan mbah Murah.